Nhà khách Chính phủ 12 Ngô Quyền là một trong những minh chứng lịch sử của dân tộc Việt Nam trong cuộc kháng chiến chống Pháp. Nơi đây đã ghi dấu lại cuộc Tổng khởi nghĩa giành chính quyền đầu tiên tại Hà Nội (19/8/1945) của nhân dân Thủ đô; và là nơi mang đậm dấu ấn của Chủ tịch Hồ Chí Minh từng sống và làm việc sau Cách mạng Tháng Tám.
Tòa nhà 12 Ngô Quyền được xây dựng năm 1918 trên phần đất của Chùa Báo Ân, di tích còn sót lại của chùa là tháp Hòa Phong cạnh Hồ Hoàn Kiếm.
Thời thuộc Pháp tòa nhà này là Phủ Thống sứ Bắc Kỳ. Sau khi Nhật đảo chính Pháp (ngày 9 tháng 3 năm 1945) tòa nhà được đổi thành Phủ Khâm sai Bắc Kỳ. Trong Cách mạng Tháng Tám, ngày tổng khởi nghĩa ở Hà Nội (ngày 19 tháng 8 năm 1945), lực lượng Việt Minh cùng nhân dân Hà Nội đã tiến công và chiếm giữ tòa nhà này. Ngày 20/12/1946, mở đầu Toàn quốc kháng chiến, tại đây đã nổ ra một trận đánh giữa một đại đội Vệ quốc đoàn bảo vệ Bắc Bộ phủ có xe tăng hỗ trợ và quân Pháp. Đây là trận đánh ác liệt nhất và kéo dài nhất trong những ngày đầu của chiến tranh Đông Dương.
Cuộc Tổng khởi nghĩa giành chính quyền 19/8/1945
Sau cách Mạng Tháng Tám năm 1945, Chủ tịch Hồ Chí Minh và Chính phủ lâm thời Việt nam Dân chủ Cộng hòa về làm việc tại đây cho đến ngày toàn quốc kháng chiến. Trong thời gian này tòa nhà được đổi tên thành Bắc Bộ phủ.
Bác Hồ làm việc tại Bắc Bộ Phủ
Kết thúc chiến tranh Đông Dương (1954), Bắc Bộ phủ được tu sửa lại và trở thành một bộ phận Nhà khách của Chủ tịch phủ, do Phòng chiêu đãi Vụ Lễ tân Bộ Ngoại giao điều hành.
Năm 1957, Thủ tướng giao Nhà khách Chính phủ cho Vụ Lễ tân - Bộ Ngoại giao phụ trách, quản lý.
Thời kỳ này, Nhà khách Chính phủ là nơi chính của quốc gia về việc đón tiếp các đoàn khách quốc tế đến thăm và làm việc. Cũng bởi tầm quan trọng của công việc nên Nhà khách Chính phủ đã Nghiên cứu, đề xuất lên cấp nhiều phương án nhằm cải tạo cơ sở vật chất, cải tạo dây chuyền sản xuất phục vụ, cải tạo hệ thống, cơ cấu tổ chức…để đưa Nhà khách lớn lên về mọi mặt.
Nhằm đáp ứng nhu cầu cấp thiết về phục vụ các đoàn khách, năm 1973, tòa nhà 02 Lê Thạch được xây dựng và đưa vào sử dụng năm 1975. Tòa nhà bao gồm 5 tầng, tầng 1 là hội trường lớn và lễ tân, 4 tầng còn lại là phòng nghỉ cho các đoàn và khách lẻ.
Năm 1981, do yêu cầu phát triển công tác phục vụ đối ngoại, Bộ Ngoại giao quyết định chuyển Nhà khách Chính phủ thành đơn vị cơ sở trực thuộc Bộ. Từ đó đến nay, Nhà khách Chính phủ hoạt động như một đơn vị độc lập chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Lãnh đạo Bộ.