Cơ cấu tổ chức của Nhà khách Chính phủ:
Nhà khách Chính phủ có Giám đốc và Phó Giám đốc do Bộ trưởng Bộ Ngoại giao bổ nhiệm và miễn nhiệm theo qui định.
Giám đốc Nhà khách chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Ngoại giao và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Nhà khách và về các quyết định của mình trong việc thực hiện quyền tự chủ về nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính của đơn vị.
Các Phó Giám đốc giúp Giám đốc Nhà khách quản lý điều hành Nhà khách theo sự phân công và uỷ quyền của Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc về sự phân công và uỷ quyền.
Nhà khách Chính phủ có 07 đơn vị chức năng sau:
1. Phòng Kinh doanh - Tổng hợp;
2. Phòng Kế toán - Tài vụ;
3. Phòng Quản trị - Xây dựng;
4. Phòng Bảo vệ;
5. Phòng Lễ tân;
6. Phòng Chiêu đãi Đối ngoại Cấp cao (Tổ Bếp,Tổ Bàn);
7. Phòng Lưu trú.
Người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu các đơn vị qui định từ mục 1 đến mục 7 được bổ nhiệm và miễn nhiệm theo qui định của Bộ trưởng Bộ Ngoại giao và theo yêu cầu công việc.
Giám đốc Nhà khách Chính phủ có trách nhiệm xây dựng, ban hành thực hiện Quy chế tổ chức và hoạt động của Nhà khách Chính phủ, đảm bảo hoàn thành chức năng và nhiệm vụ được giao.
Biên chế cán bộ, công chức, viên chức của Nhà khách CP do Giám đốc Nhà khách quyết định trên cơ sở kế hoạch được duyệt theo qui định đối với đơn vị sự nghiệp và phân cấp quản lý của Bộ Ngoại giao.
Như vậy, tính đến nay, số lượng nhân sự ở Nhà khách Chính phủ là 111 cán bộ, nhân viên. Lực lượng nhân viên trẻ khá đông góp tạo hiệu quả trong công tác đón, tiếp, phục vụ các Lãnh đạo và đoàn đến thăm và làm việc tại Việt Nam